A novel combined approach of nuclear magnetic resonance (NMR) and Mass spectrometry to isolate the protein targets of chemical small molecules.

Il metodo che proponiamo combina la separazione sul gel delle proteine native con la risonanza magnetica (NMR) e la spettrometria di massa (LC-MS/MS) per giungere piu’ rapidamente ed efficientemente alla identificazione dei bersagli proteici. Le proteine totali, incluse quelle bersaglio, e la molecola chimica restano nelle loro forme strutturali native. Tecnicamente tutte le proteine native di cellule tumorali verranno incubate con la molecola con azione terapeutica per agevolare il legame tra il bersaglio proteico e la molecola chimica. Seguiranno due cicli di separazione su gel delle proteine native e l’ analisi in risonanza magnetica di 50 pezzetti di gel per ogni ciclo, al fine di evidenziare la presenza della molecola chimica prevalentemente in uno di loro. Le proteine contenute nel pezzetto di gel positivo al segnale NMR per la molecola chimica, si stimano possano essere meno di 20 in totale, verranno risolte tramite spettrometria di massa. Quest’ultimo passaggio consentirà di identificare il principale bersaglio terapeutico della molecola chimica, che verrà infine validato tramite SPR (risonanza plasmonica di superficie). Contiamo di validare questo metodo che potrà dare impulso al settore della ricerca dei nuovi farmaci, in generale, e all’ identificazione facilitata dei bersagli terapeutici delle molecole chimiche, in particolare.